En el nuevo gobierno, Juan Alvarez se declara a favor de la república federalista y liberal, por ello se afilió a Vicente Guerrero y Bustamante para combatir a Iturbide.

Más tarde, en 1831, intentó salvar a Guerrero de la traición de Picaluga, preparada por Bustamante. El General Alvarez combate el centralismo, su fama fue en ascenso y tenía gran influencia en la región de Michoacán, Guerrero, el sur de México, Morelos y Oaxaca.

El 27 de octubre de 1849, al declararse Estado de la Federación el sur de México, bajo el nombre de Guerrero, Juan Alvarez es nombrado Gobernador interino y ratificado más tarde por medio de elecciones en 1850. En 1854 proclama el Plan de Ayutla para terminar con la dictadura de Santa Anna. Después del triunfo de dicho plan, Alvarez es nombrado Presidente de la República, el 4 de octubre de 1855 y renuncia al cargo un año más tarde, el 15 de septiembre de 1856.

Juan Alvarez defendió los derechos de los campesinos. Desde 1835 lanzó un manifiesto en el que exponía sus ideas al respecto. Escribió un libro sobre el tema y otro donde analiza la condición del peón en los estados de Morelos y Guerrero. Murió en su hacienda "La Providencia", en Guerrero y el 25 de diciembre de 1922 sus restos fueron trasladados a la Rotonda de los Hombres Ilustres en la ciudad de México.