Anastasio Bustamante, siendo Presidente, solicitó permiso para ponerse al frente del ejército, por ser el consejero más antiguo, le correspondió a Echeverría tomar el cargo el 22 de septiembre de 1841. Menos de un mes estuvo en el puesto, pues el General Santa Anna tomó posesión de la presidencia el 10 de octubre de ese año. Francisco Echeverría fue protector de la Academia de San Carlos.